Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26 — различия между версиями

Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
Перейти к: навигация, поиск
(Новая страница: «== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования == === Формула расчет оценки === Накоп = Округле…»)
 
м (→‎Лекции и семинары)
 
(не показано 7 промежуточных версии этого же участника)
Строка 2: Строка 2:
  
 
=== Формула расчет оценки ===
 
=== Формула расчет оценки ===
−
  Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.8 )
+
  Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
 
  Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
 
  Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
 
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
 
  В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Строка 12: Строка 12:
 
|-
 
|-
 
| 1
 
| 1
−
|| 05.09
+
|| 04.09
 
||
 
||
 
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]  
 
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]  
Строка 18: Строка 18:
 
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
 
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
 
|-
 
|-
−
|
+
| 2
 +
|| 11.09
 +
||
 +
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
 +
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
 +
|-
 +
| 3
 +
|| 18.09
 +
||
 +
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
FastQC, MultiQC, cборка генома
 +
|-
 +
| 4
 +
|| 26.09
 +
||
 +
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
 
 +
||
 +
Алгоритмы предсказания генов. Практика
 +
|-
 +
| 5
 +
|| 03.10
 +
||
 +
Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
InterPro. PFam. HMMER.
 +
|-
 +
| 6
 +
|| 9.10
 +
||
 +
Сдвиг рамки считывания
 +
||
 +
Семинар
 +
|-
 +
| 7
 +
|| 16.10
 +
||
 +
Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
Infernal, tRNAscan
 +
|-
 +
| 8
 +
|| 23.10
 +
||
 +
Введение в РНК-сек  [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
Введение в R, Deseq2
 +
|-
 +
| 9
 +
|| 06.11
 +
||
 +
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
'''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка]
 +
|-
 +
| 10
 +
|| 13.11
 +
||
 +
Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка]
 +
|-
 +
| 9
 +
|| 27.11
 +
||
 +
Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
 +
||
 +
Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка]
 +
|-
 +
| 9
 +
|| 06.11
 +
||
 +
Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды]
 +
||
 +
'''ДЗ34''' scРНК-сек
 +
|-

Текущая версия на 15:04, 7 декабря 2025

Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования

Формула расчет оценки

Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

Лекции и семинары

# Дата Лекция (11:10 - 12:30) Семинар (12:40 - 14:00)
1 04.09

Введение в молекулярную биологию лекция

Создание аккаунтов на серверах инструкция

2 11.09

Методы секвенирования ДНК лекция

Введение в github и Google colab. Sra toolkit тетрадка
3 18.09

Сборка генома слайды

FastQC, MultiQC, cборка генома

4 26.09

Алгоритмы предсказания генов слайды

Алгоритмы предсказания генов. Практика

5 03.10

Аннотация функций генов. Домены. слайды

InterPro. PFam. HMMER.

6 9.10

Сдвиг рамки считывания

Семинар

7 16.10

Некодирующие РНК слайды

Infernal, tRNAscan

8 23.10

Введение в РНК-сек слайды

Введение в R, Deseq2

9 06.11

Анализ данных РНК-сек слайды

ДЗ3 РНК-сек. scRNA-seq QC тетрадка

10 13.11

Анализ данных РНК-сек часть 2 слайды

Семинар тетрадка

9 27.11

Определение типа клеток. слайды

Семинар тетрадка

9 06.11

Остальные виды анализа данных РНК-сек слайды

ДЗ34 scРНК-сек

Источник — «http://wiki.cs.hse.ru/index.php?title=Майнор_Биоинформатика_2_год_2025/26&oldid=94097»