Майнор Биоинформатика 2 год 2025/26 — различия между версиями
Материал из Wiki - Факультет компьютерных наук
м (→Лекции и семинары) |
м (→Лекции и семинары) |
||
| (не показано 5 промежуточных версии этого же участника) | |||
| Строка 2: | Строка 2: | ||
=== Формула расчет оценки === | === Формула расчет оценки === | ||
| − | Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0. | + | Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 ) |
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. | Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. | ||
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале | В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале | ||
| Строка 30: | Строка 30: | ||
|| | || | ||
FastQC, MultiQC, cборка генома | FastQC, MultiQC, cборка генома | ||
| + | |- | ||
| + | | 4 | ||
| + | || 26.09 | ||
| + | || | ||
| + | Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
| + | |||
| + | || | ||
| + | Алгоритмы предсказания генов. Практика | ||
| + | |- | ||
| + | | 5 | ||
| + | || 03.10 | ||
| + | || | ||
| + | Аннотация функций генов. Домены. [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
| + | || | ||
| + | InterPro. PFam. HMMER. | ||
| + | |- | ||
| + | | 6 | ||
| + | || 9.10 | ||
| + | || | ||
| + | Сдвиг рамки считывания | ||
| + | || | ||
| + | Семинар | ||
| + | |- | ||
| + | | 7 | ||
| + | || 16.10 | ||
| + | || | ||
| + | Некодирующие РНК [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
| + | || | ||
| + | Infernal, tRNAscan | ||
| + | |- | ||
| + | | 8 | ||
| + | || 23.10 | ||
| + | || | ||
| + | Введение в РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1tr4eRUYeDdx5c0KGoJDsQBxW02MSoM4f/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
| + | || | ||
| + | Введение в R, Deseq2 | ||
| + | |- | ||
| + | | 9 | ||
| + | || 06.11 | ||
| + | || | ||
| + | Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1nIqsc4JEgUNm5cNplqLiVGMcdwhBLFGE/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
| + | || | ||
| + | '''ДЗ3''' РНК-сек. scRNA-seq QC [https://colab.research.google.com/drive/13HXQOdnIqUO6mJUHHvh_1rGdOTalmI6G?usp=sharing тетрадка] | ||
| + | |- | ||
| + | | 10 | ||
| + | || 13.11 | ||
| + | || | ||
| + | Анализ данных РНК-сек часть 2 [https://docs.google.com/presentation/d/1wqTchMKBo0WEpr4jaCKQdAUPVXgVIuSc/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
| + | || | ||
| + | Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1KuCO55ml0nffLt9096s7MIco5Ld4Zp9K?usp=sharing тетрадка] | ||
| + | |- | ||
| + | | 9 | ||
| + | || 27.11 | ||
| + | || | ||
| + | Определение типа клеток. [https://docs.google.com/presentation/d/1oZ4iEC3ozKEFrTZSDL4yi_YFPGdb--F2/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] | ||
| + | || | ||
| + | Семинар [https://colab.research.google.com/drive/1sNIyx2aIWrVIyve63Ci6NsukQyyLGE7-?usp=sharing тетрадка] | ||
| + | |- | ||
| + | | 9 | ||
| + | || 06.11 | ||
| + | || | ||
| + | Остальные виды анализа данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1LUd7TSUTYfUmPux5VlL1h85jPiYX9LI-iUg9cIEx1D4/edit?usp=sharing слайды] | ||
| + | || | ||
| + | '''ДЗ34''' scРНК-сек | ||
|- | |- | ||
Текущая версия на 15:04, 7 декабря 2025
Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования
Формула расчет оценки
Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.7 ) Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен. В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале
Лекции и семинары
| # | Дата | Лекция (11:10 - 12:30) | Семинар (12:40 - 14:00) |
|---|---|---|---|
| 1 | 04.09 |
Введение в молекулярную биологию лекция |
Создание аккаунтов на серверах инструкция |
| 2 | 11.09 |
Методы секвенирования ДНК лекция |
Введение в github и Google colab. Sra toolkit тетрадка |
| 3 | 18.09 |
Сборка генома слайды |
FastQC, MultiQC, cборка генома |
| 4 | 26.09 |
Алгоритмы предсказания генов слайды |
Алгоритмы предсказания генов. Практика |
| 5 | 03.10 |
Аннотация функций генов. Домены. слайды |
InterPro. PFam. HMMER. |
| 6 | 9.10 |
Сдвиг рамки считывания |
Семинар |
| 7 | 16.10 |
Некодирующие РНК слайды |
Infernal, tRNAscan |
| 8 | 23.10 |
Введение в РНК-сек слайды |
Введение в R, Deseq2 |
| 9 | 06.11 |
Анализ данных РНК-сек слайды |
ДЗ3 РНК-сек. scRNA-seq QC тетрадка |
| 10 | 13.11 |
Анализ данных РНК-сек часть 2 слайды |
Семинар тетрадка |
| 9 | 27.11 |
Определение типа клеток. слайды |
Семинар тетрадка |
| 9 | 06.11 |
Остальные виды анализа данных РНК-сек слайды |
ДЗ34 scРНК-сек |
